在生物科學的前沿探索中，蛋白質作為生命的基礎構件，其重要性不言而喻。近日，上海交通大學的一項突破性成果引起了廣泛關注。該校特聘教授洪亮及其團隊成功推出了名為Venus的蛋白質設計大模型，這一創新工具能夠精確預測蛋白質從序列到功能的變化，實現了蛋白質功能設計的“定向進化”，將蛋白質研究的傳統“大海撈針”方式轉變為高效精準的定制設計。
Venus模型的應用不僅停留在理論層面，其設計的多款蛋白質已步入產業化進程。例如，一款活性卓越、穩定性強且產物純凈的PET降解酶，以及用于超敏檢測診斷的高活性堿性磷酸酶，都是Venus模型成功應用的實例。這些蛋白質產品的推出，預示著蛋白質工程領域將迎來一場革命性的變革。
洪亮團隊的這一創新成果，得益于他們將人工智能技術與蛋白質設計與改造的深度融合。團隊建立了全球規模最大的蛋白質數據集，這一數據集包含了數十億條蛋白質序列信息，覆蓋了從常規地表生物到極端環境微生物的廣泛范圍，其中數億條序列還帶有功能標簽。基于這一龐大數據集訓練的Venus模型，能夠高效、準確地預測和設計蛋白質的功能，將蛋白質的生產過程從“緩慢試錯”轉變為“精準設計”。
在實際應用中，Venus模型展現出了驚人的能力。洪亮團隊與國內生長激素領域的領軍企業金賽藥業合作，利用Venus模型對單域抗體進行了耐堿性改造。僅用了不到一年的時間，就將普通單域抗體的耐堿性提升了4倍，為金賽藥業節省了上千萬元的成本。這一成果不僅實現了多個批次5000升的放大生產，還成為全球首款由大模型設計并規模化生產的蛋白質產品，標志著Venus模型在產業化應用方面的巨大潛力。
Venus系列模型還在體外診斷領域取得了重要突破。團隊成功優化了一款堿性磷酸酶（ALP），使其分子活性超過了國際領先公司的產品3倍。這一成果對于超敏檢測診斷具有重要意義，如心肌梗塞、阿爾茨海默癥等疾病的早期發現將因此變得更加準確和高效。目前，改造后的ALP已進入200升規模的放大生產階段，標志著Venus系列模型在產業轉化方面的成功。
洪亮團隊還發布了VenusMutHub，這是首個針對真實應用場景的蛋白質突變小樣本數據集。團隊還提出了蛋白質功能零樣本預測評測標準，相關研究已在《藥學學報（英文版）》上發表。這些成果不僅豐富了蛋白質設計領域的數據資源，還為未來的研究提供了更加科學和準確的評測標準。
隨著Venus模型和VenusMutHub數據集的推出，洪亮團隊在蛋白質設計與改造領域取得了令人矚目的成就。這些創新成果不僅推動了生物科學的發展，還為醫療健康、環境保護等領域帶來了新的希望和機遇。
